私が今回の件で幸運だったのは、ログイン時に起動するSnapz Pro Xが、トラブルの原因であろうという予測を、早い段階（とは言っても、半日ほどかかりましたが。）で立てられたことにあると思います。classic環境の時から、機能拡張項目のコンフリクトに悩まされていた経験（トラブルが起きた際、コンフリクトを見つけるため、完全に起ちあがるまで、画面を注視する癖がついています。）が、活きたのでしょう。そうでなければ、バック・グラウンドで起ちあがっているアプリケーションの問題に、気がつくのはもう少し後になっていたと思いますから。

それから、Tomb様も仰有っていますが、このトラブルを的確に表現するキー・ワードが、なかなか思い浮かばなかったというのは、私にも当てはまることでした。適切なキー・ワードが思い浮かんでいたなら、もしかすれば、既に解決した方の例を見つけることが出来、ここまで苦労することはなかったのかもしれません。自分の検索力のなさも、今回は痛感しました。

何はともあれ、Tomb様も、今のところ、トラブルは解決しているようで良かったです。ブログに記した甲斐がありました。わざわざご報告、ありがとうございます。

僕もおよそ10日ほど前から同様の症状に見舞われました（使用機は一世代前のiMacです）。やはり同じくタイムマシーンを実行し、さらにディスクユーティリティでアクセス権の修復を2回ほど実行することにより、一時的に症状は改善されたように見えましたがが、リスタートを繰り返すたびに同じことの繰り返し…。

そこで、セーフブートで起動してみて、同様の問題が起こらないことを確認。もしや、起動時に読み込まれるログイン項目が原因なのでは？と、ほぼ確信できた次第です。

で、愛用のDragThingとSnapz Proをログイン項目から外してリスタートを行うと、同様の問題は起こらないではありませんか？
さらに、DragThing（こちらは問題なし）とSnapz Pro（Ver 2.14）を個別にダブルクリックで立ち上げ、これがウインドウを非アクティベイトさせてしまう原因であったのかと、長い時間を費やして結論に達しました。

最後にこちらのブログにたどり着き、早速、Snapz Pro 2.15をダウンロードしてインストールを行いましたが、同様の問題は解決したように見えます（再登録を促す画面は出ませんでした）。

なかなか適当なキーワード検索も行えず、まったく厄介なトラブルでした。
Snapz Proは手放せないユーティリィなので、ホッとしています。

私がこの症状に見舞われた際、インターネット上を検索してみても、同じような症状を訴えておられる方の例を、見つけることが出来ませんでした。従って、私の環境、固有のものかと思っていたのです。しかしながら、eboshi様の症状を伺うに、私が経験したものと、同様の症状だったと思われます。また、先ほどもう一度検索してみたら、他にも同様な症状の報告を、2点見つけました。ということで、恐らく、Snapz Pro X（Ver. 2.1.4）の方に、何らかの問題があったのでしょうね。

それから、私、勘違いをしていたのかもしれません。

Ver. 2.1.4で、再登録後、アップ・データを探すと、すぐにVer. 2.1.5がリリースされていることを知りました。それで、即アップ・デートをしたのです。しかしながら、Ver. 2.1.5の変更点には、今回、私たちが経験したような、症状に関する点は含まれていませんでした。したがって、たまたま、アップ・データが、このようなタイミングでリリースされただけで、今回の症状とは関係なく、今回の症状は、再登録することで解決したのだと思っていたのです。

ということで、もしかして、「Snapz Pro X 2.1.4を再登録」が正解なのではなく、「Snapz Pro X 2.1.5へアップ・デート」が正解なのかもしれません。